雅虎中国顶着互联网巨头的大帽子，当时在中国基本没有影响力，一段时间连老板的位子都空缺，“水土不服”之严重在外企中也是罕见的。雅虎看中周的团队和现成的营收，预示了这是一场急功近利的收购。

周鸿祎转身当了雅虎中国总裁，从创业者变成了外企经理人。为了团结雅虎中国的老人们，他拍桌子、骂娘，喝高了还摔坏了门牙。但周并非多愁善感的人。“离开的人是因为不适应变化，”他简单地总结。面对媒体，周开始谨言慎行，按照外企的套路办事。

2004年，周鸿祎实现了雅虎中国历史上首次盈利。现金收入超过4000万美元，毛利接近1000万美元，同时把一搜和1G 邮箱做起来了。

虽如此，他还是无法改变一切。雅虎中国全部业务就靠3721 挣的钱养活；考核指标全部是利润，周做得越多就越削弱利润，非常矛盾。到2005年，百度上市、Google进入，门户压力日增……仗是打不下去了。2005年8月，周鸿祎宣布辞去雅虎中国总裁，在两年协议期未满时离开，随后成为IDG VC合伙人。外界估算周鸿祎得到3721 最终卖价的六成———超过五千万美元。

与此同时，雅虎掏出10亿美元，其中阿里巴巴业务与雅虎中国合并。马云称该事件为“阿里巴巴收购雅虎中国”；按照正常的理解，套现3.6亿美元的软银是交易的大赢家。