例如关于三门峡的争论，黄万里和很多专家一样都预见到了三门峡的泥沙淤积后果，但是，从专业技术角度分析，其根本就不能建任何水坝的意见，就不如建设三门峡低坝和更改坝址的意见更为科学。实事求是地说，从三门峡建成后到小浪底出现之前它对黄河下游防洪作用的重大贡献来看，即使错建以后再进行改造的三门峡，恐怕也还是要比根本就不建任何水坝还要有利的多。实际上，三门峡的失误在于坝址的选择和水库运行方式，决不是不应该修建水坝。不仅是在当年，就是在今天，黄河上不建水坝的意见也是完全错误的。

    世界上没有神仙，在科学问题上任何人都可能会犯错误。黄万里教授也不是神仙，当然也不会例外。看到黄万里自己写给党中央的信中说到，当年只有他一个人反对三门峡，我曾经就想当然的认为，黄万里在三门峡问题的表现上一定会与别人有所不同。同时，因为我知道温善章同志一直坚持自己的反对意见，所以，就在一篇解释性的文章中想当然的写道；只有温善章和黄万里在三门峡上马的意见书上坚持签署了反对意见。该文章发表后，一位当年参加过三门峡讨论会的老同志对我说，当年的三门峡讨论会只是研讨问题，根本就不用每个人签字表态。因此，不可能存在只有黄万里和温善章坚持签署反对意见的情况。

    老同志强调在当时有关三门峡问题的讨论会上，黄万里的不同意建坝意见，和很多人的反对意见的发言几乎一样，并没有引起大家的任何注意。有文章说只有他一个人坚持反对三门峡上马的说法，也不符合事实。因为他当时也曾经提出了，如果三门峡一定要上马，应该保留排沙底孔的建议。这就使得他对三门峡的不同意见和态度，与其他那些提出了自己的反对意见，而又表示无可奈何的同志，看不出有任何不同之处。不仅当时担任水电建设总局局长的李锐，说不知道当时还有个黄万里也反对三门峡，而且还有很多当时参加会议的同志，都对黄万里的反对意见的发言，几乎没有什么特别的印象。然而，令人不解的是，在今天的很多文学作品中，黄万里都被说成是当年唯一的一位坚持反对三门峡上马的英雄。这种宣传恐怕和黄万里自己写给中央的信中的错误表述（说当年只有他自己反对三门峡）有一定关系。因此，可以说黄万里教授的自我感觉是存在有较大误差的。如果，三门峡的问题因为时代久远，大家还有怀疑，那么黄万里教授给党中央的信中，同时还强调也只有他一个人是真正反对三峡，大家恐怕就应该能够体会到，黄万里教授的自我感觉所存在的误差了。

    还有人说黄万里教授是因为反对三门峡而被打成右派的，这种说法也不是很恰当。事实上，黄万里教授完全是因为其所写的杂文《花丛小语》被毛泽东主席批评后被打成右派的。其后来受到批判的内容中，也包括反对三门峡的言论虽然也是事实，但这决不是他被打成右派的原因，而是被打成右派之后添加进去的批判材料。比黄万里更甚的曾经递交书面反对三门峡意见书的专家，都没有一个因为发表不同的学术意见而被打成右派，国家为什么单单会对黄万里特殊呢？特别是其中的温善章，后来还受到了周总理的口头表扬。因此，认为黄万里教授是因为坚持学术观点，而被打成右派的说法是不符合事实的。