证券交易印花税1990年首先在深圳开征，当时主要是为了稳定初创的股市及适度调节炒股收益，由卖出股票者按成交金额的6‰交纳。同年11月，深圳市对股票买方也开征6‰的印花税，内地双边征收印花税的历史开始。

　　1991年10月，深市将印花税率从6‰调整到3‰，牛市行情启动，后上证指数从180点升至1992年5月的1429点，升幅达694%。

　　1992年6月12日，国家税务总局和原国家体改委联合发文明确按3‰的税率缴纳印花税，指数在盘整一个月后掉头向下，一路从1100多点跌到300多点，跌幅超过70%。深市盘整4个月后，从2517点下调到1538点，2002年11月23日到2003年2月22日，深市从1538点回升的3422点，升幅超过220%。

　　1996年初至1997年5月，印花税依然为3‰，深市呈现大牛市行情，指数上涨660%多。

　　1997年5月12日，证券交易印花税率由3‰提高到5‰，沪指半年内下跌近500点，跌幅达到30%多。

　　1998年6月，证券交易印花税率从5‰下调至4‰，股指不升反降，两个月内震荡走低400点。

　　1999年6月1日为了活跃B股市场，国家税务总局再次将B股交易税率降低为3‰，上证B指一个月内从38点拉升至62.5点，涨幅高达50%多。

　　2001年11月16日印花税率再度调低至2‰，股市又产生一波100多点的下行波段行情。

　　2005年1月23日，财政部又将证券交易印花税税率由2‰下调整为1‰，股市轻微拉升后随即呈震荡下行趋势。2001年4月至2005年末，股市基本表现为熊市。

　　2005年1月23日，财政部决定从2005年1月24日起，调整证券(股票)交易印花税税率，由现行千分之二调整为千分之一。